En el pre-congreso del fútbol ecuatoriano realizado la tarde de este jueves en la ciudad de Guayaquil, la dirigencia en pleno del balompié ecuatoriano resolvió sobre el sistema del campeonato para la presente temporada. Aunque una mayoría de clubes se mostraron partidarios de mantener el sistema de dos campeonatos, apertura y clausura, la falta de disponibilidad de fechas, por la realización del campeonato del mundo Alemania 2006 que obliga a paralizar las competencias domésticas a partir del 14 de mayo, y además los compromisos de los clubes durante los meses de febrero, marzo y abril en Copa Libertadores de América, obligaron prácticamente a los clubes a volver al tradicional sistema con el que se disputó los torneos hasta el 2004.

En consecuencia, el campeonato 2006 contará con tres etapas. La primera se disputará hasta el 14 de mayo, todos contra todos en 18 fechas, el club que se ubique en el primer lugar conseguirá la clasificación a la Copa Sudamericana, además de lograr una bonificación de tres puntos para la liguilla final. Los clubes ubicados en el segundo y tercer lugar de esta etapa, bonificarán con dos y un punto respectivamente para el hexagonal final. La segunda etapa que empezará luego del Campeonato del Mundo, se disputará de manera idéntica, 18 fechas, todos contra todos, bonificación de tres, dos y un punto para los tres primeros. La tercera fase o liguilla final definirá los tres cupos de Copa Libertadores de América para el 2007.

La novedad que presenta este sistema es que, concluida la primera etapa, el equipo que se ubicare en el último lugar descenderá a la Serie B y su lugar será ocupado por el ganador de la Serie B que tendrá una disputa similar en su contexto a la Serie A, pero sin disputa de liguilla final, lo que supone que al concluir la segunda etapa, igualmente habrá ascenso y descenso, aunque en este caso el club que logre ascender disputará el torneo de la Serie A en el 2007. El campeonato arrancará el 27 de enero y la Serie B lo hará el 11 o 12 de febrero.